Jérémie Beplois, élève de 4e au collège Kadic, découvra un complexe informatique dans une usine désafectée, non loin du collège. Mais il ne dit rien à personne, c'est son petit secret. ce soir là, il décidé de rallumer cet ordinateur, appelé Supercalculateur. Il découvrit que c'était un monde virtuel, appelé Lyoko et qu'une intelligence artificielle, nommé Maya (elle s'appelera Aelita, plus tard), vivait sur ce monde virtuel. Mais Lyoko comptait 5 territoires, dont un qui est découvert dans la saison 2 : la Forêt, la Banquise, le Désert, la Montagne et le 5e territoire (ou Carthage). Mais ce n'est pas tout, un programme multi-agent, XANA, crée par Franz Hopper, un génie informatique, qui a aussi crée Lyoko (ont apprendra plus de lui dans la saison 2), qui avait pour mission de détruire Carthage, cherche aujourd'hui à détruire Jérémie et à détruire Maya sur Lyoko en envoyant des monstres ("de drôles d'animaux", dit Maya). Mais XANA attaque sur Terre, pour détruires nos héros, grâces au tours de Lyoko qui sont, en fait, des sortes d'intermédiaire entre Lyoko et la Terre (voir l'article XANA - le lien arrivera plus tard). Ulrich Stern, en 4e aussi, se douta au sujet de Jérémie, mais il n'était pas encore amis, à cause des attaques de XANA sur Terre.
Jérémie lui montra le Supercalculateur (Ulrich dit le "mégacalculateur"). Il lui montra aussi les scanners et décida de prendre le chien d'Odd Della Robbia, sont compagnon de chambre, éleve de 4e aussi, qui suiva Ulrich à l'usine car il avait "enlevé" son chien. Mais Sissi Delmas, fille du proviseur du collège Kadic, en 4e, avait rendez-vous avec Ulrich et marchant dans le couloir croisa Odd en train de courir après Ulrich, donc elle suivit Odd (Odd, est un garçon, pour ceux qui ne connaissent pas bien Code Lyoko^^). Ulrich posa Kiwi, le chien d'Odd, dans les scanners et Jérémie lança le processus de virtualisation, mais Odd, voyant son chien dans les scanners, rentra dedant, mais son chien lui glissa des et le scanner se referma. Odd se retrouva sur Lyoko et Ulrich vient lui porter secours[...] Ulrich et Odd, vont faire partis de la bande, mais Sissi, ne saura pas gardé le secret et sera exclus de la bande.
Yumi Ishiyama, éleve de 3e cette fois-ci, fera partit de la bande car elle c'est bien se battre (d'après Ulrich) et Ulrich voudra sortir avec elle.[...]
Jérémie voudra matérialisé Aelita, car il a flashé sur elle (Ulrich dit à Odd : "il flash sur un programme informatique", et Odd : "car il y a même des nanas, là'dans").
Jérémie à découvert aussi le retour vers qui en fait, efface la mémoire de toutes personnes n'étant pas aller sur Lyoko. Dans le réveil de XANA (partie 2), Jérémie oublie ce qui c'est passé, car il ne s'est pas virtualisé sur Lyoko. Dans l'épisode 30, Un grand jour, XANA prend le contrôle du retour dans temps.
